Rename Sequences by TBtools
小黑Black_007
发布于：2022年11月5日
这一篇就是针对有时候我们需要从文献之中获取Accesion Number来构建系统树，首先我们把pdf转成excel然后提取序列，并做好命名工作。
TBtools批量下载，应该很简单。在如图所示的位置下载就行。
然后是修改名字，这里一般是用两步，第一步删掉除了序列号以外的其他信息，可以用这行命令来执行：
1sed -i 's/\.1.*//g' ef1.fasta
删之前长这样，删后如下：
然后使用 ID rename 功能进行更名
然后就可以进行常规的mafft，gblocks啦
1234567for i in *rename2.fasta;do linsi --thread 20 ${i} > ${i}.mafft;donefor i in *.mafft;do Gblocks $i -b4=2 -b5=a -t=d;done
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更新于：2022年11月5日
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